PREZÍDIUM fondu je najvyšším orgánom fondu a má deväť členov. Prezident, viceprezident a členovia prezídia sú volení a odvolávaní Národnou radou Slovenskej republiky. Členovia prezídia, s výnimkou viceprezidenta fondu, nie sú zamestnancami fondu.

Do pôsobnosti prezídia fondu patrí najmä:

1. menovanie a odvolávanie členov výkonného výboru

2. schvaľovanie rokovacieho poriadku prezídia a výkonného výboru a organizačného poriadku fondu

3. predkladať príslušným orgánom na prerokovanie a schválenie:
      - návrh na použitie majetku fondu,
      - návrh rozpočtu fondu,
      - ročnú účtovnú závierku fondu za predchádzajúci rok,
      - návrh štatútu fondu

Na základe novelizácie zákona získalo prezídium kompetencie na schvaľovanie priamych predajov, ktoré sa stali dominantnou metódou privatizácie. Prezídium vydávalo rozhodnutia o privatizácii priamym predajom vopred určenému záujemcovi. V dôsledku nálezu Ústavného súdu SR od novembra 1996 prezídium už nemôže vydávať rozhodnutia o privatizácii priamym predajom, ani meniť už vydané rozhodnutia. Nález Ústavného súdu SR sa nedotýka rozhodnutí prezídia o predaji majetkových účastí fondu v obchodných spoločnostiach a majetku, ktorý fond nadobudol v dôsledku odstúpenia od zmluvy (§ 28 ods. 5 a 6 zákona).

Prezídium pracuje v zložení:

prezident - JUDr. Peter Šimko

viceprezident - Ing. Vladimír Kocourek

členovia - Ing. Jozef Cudrák, Ing. Vladimír Taraba, PhD., Ing. Pavol Hanus, Ing. Peter Oremus, Ľubomír Želiezka, Mgr. Gerhard Majling, Ing. Peter Greguš